Trường THCS Sài Đồng được thành lập năm 1986.Trường nằm trên một khuôn viên khá rộng thuộc trung tâm phường Sài Đồng, quận Long Biên, Hà Nội. Ban đầu chỉ có 06 lớp học, địa điểm học nhờ trụ sở UBND thị trấn Sài Đồng . Năm 1988 Trường được xây dựng tại đia điểm bây giờ với 2 dãy nhà cấp 4 và 10 phòng học, số lớp là 12. Năm 1991 Trường được xây dựng thêm một dãy nhà 2 tầng gồm 08 phòng học, số lớp là 25. Năm 1993 do nhu cầu tách khối cấp I- Khối cấp II ( PTCS Sài Đồng và PTCS May 10 ) sát nhập thành THCS Sài Đồng, số lớp 28 học ở 2 phân hiệu. Năm học 2000-2001: Xây dựng khu 3 tầng với 15 phòng học; số lớp là 25. Năm học 2008-2009 nhận bàn giao CSVC trường Tiểu học Sài Đồng,UBND quận đầu tư xây dựng trường chuẩn Quốc gia. Nhà trường tiếp tục được đầu tư trang thiết bị đạt chuẩn quốc gia đề nghị công nhận vào tháng 12/2010, số lớp là 23.Từ năm học 2010-2011 trường được xây dựng với 24 lớp quy hoạch theo hướng Trường chuẩn Quốc gia, với các phòng thực hành bộ môn, phòng thư viện, nhà giáo dục thể chất, khu hành chính đầy đủ đáp ứng cho hoạt động dạy và học đạt chất lượng.
Trải qua 30 năm xây dựng và phát triển, với đội ngũ giáo viên giàu kinh nghiệm, yêu nghề ,với cơ sở vật chất trường lớp khang trang hiện đại, trường THCS Sài Đồng đã phát triển mạnh cả về số lượng và chất lượng, đạt nhiều thành tích đáng tự hào.Tỉ lệ học sinh tốt nghiệp nhiều năm đạt 100%, tỉ lệ học sinh giỏi, học sinh đạt giải cấp Quận, Thành phố, Quốc gia và tỉ lệ học sinh vào THPT thuộc tốp cao của Quận Long Biên.
Nhà trường tự hào về bề dày thành tích đã đạt được. Từ năm 1993 đến nay, Trường đã được các cấp, các ngành tặng thưởng bằng khen và danh hiệu thi đua :
+ Năm học 1993-1994 và năm học 1994-1995 đạt danh hiệu Trường Tiên tiến xuất sắc của huyện Gia Lâm.
+Từ năm học 1995 -1996 đến năm học 2009-2010 liên tục đạt danh hiệu Trường Tiên tiến xuất sắc, Tập thể Lao động xuất sắc Thành phố.
+Năm 1999-2000 : Thủ tướng Chính phủ tặng Bằng khen.
+Năm 2001-2002 : Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao Động hạng Ba .
+N ăm học 2004-2005: Liên bộ tặng giải Ba viết thư UPU toàn quốc
+ Năm 2005- 2006: Bộ Giáo dục và Đào tạo tặng Bằng khen
+ Năm học 2006-2007: Thủ tướng chính phủ tặng Bằng khen, UBND Thành phố tặng Bằng khen Tập thể Lao động tốt.
+Năm 2007-2008 : Nhà nước tặng thưởng Huân chương Lao Động hạng nhì.
+ Từ năm 2009 đến nay : đạt danh hiệu Trường tiến tiến xuất sắc cấp Thành phố.
Các hoạt động đoàn thể, Đoàn - Đội,văn nghệ, Thể dục thể thao, chữ thập đỏ …từ năm 1995 đến nay liên tục được Trung ương, Thành phố, quận, huyện tặng Bằng khen.
Có được những thành tích trên là nhờ sự nỗ lực không ngừng của các thế hệ thầy cô giáo và học sinh trường THCS Sài Đồng. Đặc biệt là sự quan tâm, chỉ đạo sát sao của các cấp lãnh đạo, công sức đóng góp của nhân dân địa phương, sự quan tâm của các cơ quan ,các ban ngành liên quan. Đồng thời có sự chỉ đạo đúng hướng , hiệu quả của Ban giám hiệu nhà trường.
Bước vào năm học mới 2016- 2017, phát huy những thành quả đáng tự hào của nhà trường trong những năm vừa qua, thầy và trò Trường THCS Sài Đồng sẽ tiếp tục phấn đấu, nỗ lực hơn nữa để Trường THCS Sài Đồng xứng đáng là địa chỉ tin cậy của các bậc phụ huynh học sinh, xứng đáng với sự tin cậy của Đảng ủy, UBND phường Sài Đồng.